路線ごとの「上り」は、東京に向かう方向が「上り」とされるのが基本です。従って、東海道本線は東に向かう列車が「上り」、東北本線は南に向かう列車が「上り」、総武本線は西に向かう列車が「上り」になります。

東京駅に乗り入れない路線は、幹線との接続駅に向かう方向が「上り」になります。この路線図の例では、東海道本線との接続する川崎や東神奈川に向かう列車が「上り」です。
南武線や横浜線のように、東海道本線と中央本線の両方に接続する場合、上位の路線（この場合東海道本線）に接続する方向が「上り」です。

中央本線は、塩尻を境に中央東線と中央西線に分かれていますが、両線では「上り」の方向が異なります。
中央東線は、上記のように東京に向かう方向が「上り」ですが、中央西線は名古屋に向かう方向が「上り」となります。
全ての列車が篠ノ井線の松本方面に直通するため、篠ノ井線内では整合性が取れています。

両毛線は、東北本線小山から上越線新前橋に至る路線ですが、新前橋に向かう方向が「上り」です。東北本線が上位になりますが、なぜ逆方向が「上り」になるのでしょう。
それはこの路線の生い立ちが鍵で、当時の日本鉄道が高崎線の延長として、高崎〜前橋間を1884（明治17）年に開通させました。この時点で高崎線に合わせて「上り」が決められたと思われます。
小山〜前橋間については、両毛鉄道により1888〜89（明治21〜22）年に開通します。1897（明治30）年に日本鉄道が両毛鉄道を合併し、現在の両毛線が完成します。1906（明治39）年に日本鉄道は国有化されます。
その後、高崎〜新前橋間は上越線になりますが、「上り」方向は開通時のままであったということです。

撮影：大月駅（1980.8.29）

列車ごとに列車番号があります。多くの場合、前面窓の中に列車番号の表示窓があります。また市販の時刻表にも上部に列車番号欄があります。
この列車番号は、下り列車は奇数、上り列車は偶数です。
写真は中央東線の「539M」で、クモニ83の前面窓中央に列車番号を表示しています。

撮影：信濃大町駅（1981.4.1）

特急や急行の愛称には号数が付きますが、1978年10月のダイヤ改正から、下りは奇数号、上りは偶数号に分けられました。
写真は6014M「あずさ14号」新宿行。
よく言われる話ですが、狩人の「あずさ2号」という歌で新宿発の「8時ちょうどのあずさ2号」と歌われたものの、翌年には「あずさ3号」になってしまいました。